В 2003 году отдельные коллекции (окаменелостей; минералогические; медицинские, в том числе стоматологические, ветеринарные и фармакологические; предметов искусства, в том числе прикладного, а также собрания, относящиеся собственно к истории университета) были собраны в одном здании. Там же находится относящиеся к истории коллекций библиотека, архив и собрание фотографий. Университет оказался представлен в музейный залах, как единый организм, имеющий свою большую историю и научные заслуги.
Созданный таким образом большой музей разместился в здании химического корпуса университета. Он получил название Арппеанум в честь профессора химии и ректора университета Адольфа Эдуарда Арппе, при непосредственном участии которого состоялось строительство здания. Жизнь ученого была тесно связана с этим местом, так как в здании находилась и лаборатория, и кабинет, и даже квартира профессора. Здание было построено в 1869 году в венецианском стиле, популярном в XIX веке в Гамбурге. Его отличительной особенностью является уникальная для Скандинавии чугунная литая лестница, объединяющая все четыре этажа Арппеанума. С самого начала в одной из частей здания был размещен музей университета, что делает это строение старейшим музейным зданием Финляндии.
Университетский музей Арппеанум отвечает за сохранность и консервацию ценных коллекций и имущества университета Хельсинки - старого научного оборудования, мебели и произведений искусства. Музей поддерживает индексный регистр всех ценностей, которые хранятся в помещениях университета.
Помимо постоянной экспозиции, в музее каждый год проводятся две временные специализированные выставки.
Экскурсии могут быть организованы в нерабочие часы.