На территории Кахетии есть две природоохранные зоны под название Лагодехи: заказник и национальный заповедник. Они были разделены в 2003 году, чтобы можно было поддерживать разную степень доступа на обе территории. Прежде здесь был единый заповедник, образованный Императорским русским географическим обществом в 1912 году – это была самая первая природоохранная зона на грузинской земле.
На северо-востоке Грузии, на южных склонах гор находятся природоохранные территории, граничащие с Дагестаном и Азербайджаном. Площадь заказника составляет 4702 кв. км, а национального заповедника – 19 749 кв. км. Здесь горный ландшафт с перепадами высот от 590 м до 3500 м, а горные склоны изрезаны глубокими ущельями. По территории природоохранных зон протекает много рек, главными из которых являются Шромисхеви, Ниносхеви, Мицимисцкали и Лагодехисцкали. Выше в горах есть озёра ледникового происхождения, самое большое – Хала-Хель находится на границе с Дагестаном и имеет глубину 14 метров. Также в заповеднике есть несколько серных источников.
На территорию национального заповедника доступ открыт только для исследователей, а вот земли заказника подготовлены для пешего туризма. Здесь есть 5 маршрутов: к водопадам в ущелье Нино и Рочо, озеру Хала-Хель, крепости Мачи XI века, есть ещё специальная «тропа природоведения». Между Грузией и Азербайджаном достигнуто соглашение, что посещающие заказник туристы могут свободно перемещаться из страны в страну.
Главными ценностями Лагодехи считаются горная тундра и широколиственные леса. Примерно 70% территории здесь покрыто лесами, в которых доминируют такие породы, как восточный бук, обыкновенный граб, несколько разновидностей клёна. Животный мир Лагодехи также разнообразен, поэтому в прошлом здесь были охотничьи угодья. Здесь в основном обитает восточно-кавказский тур, а кроме него встречаются благородный олень и серна. Хищники представлены бурым медведем, волком, рысью, а из летающих – могильником, бородачом, степным орлом и беркутом. Всего же учёные насчитали в природоохранных зонах 53 вида млекопитающих, 150 видов птиц, 12 видов рептилий, 5 видов амфибий и 4 вида рыб. Из всего здешнего природного многообразия свыше 40 видов животных и 26 видов растений попали в Красную книгу, как подвергающиеся риску уничтожения. В своё время в Лагодехи завезли енота-полоскуна.