Изначально Андреевская церковь располагалась на зальцбургской безымянной площади, образуемой пересечением улиц Драйфальтигкайтсгассе и Линцергассе. Городские власти в результате долгих дебатов решили снести церковь, чтобы расширить дорогу. Но церковь построили в новом месте по проекту Якоба Чекони в неоготическом стиле, освящение состоялось в 1898 году.
Во время минувшей мировой войны воздушные налёты не пощадили церковь, которая вновь была разрушена, от неё уцелела лишь западная сторона. В процессе восстановления, завершившегося в 1949 году, архитектура здания была значительно упрощена. Но такой вид церкви не устроил жителей города, поэтому в конце 60-х годов была предпринята следующая реконструкция, в результате которой башни стали ниже, поскольку их покрыли плоскими пирамидальными крышами. Фасады церкви выкрасили в белый и светло-серый цвета, чтобы здание больше гармонировало с окружающими строениями. В настоящее время по четвергам возле церкви действует сельскохозяйственный рынок, на котором горожане охотно приобретают натуральные продукты. Туристов же больше интересует колорит традиционной торговли.