В венской Капуцинеркирхе есть крипта, называемая «Императорским склепом» или «склепом капуцинов». В ней покоятся Габсбурги: императоры и члены их семей трёх последовательных империй: Священной Римской, Австрийской и Австро-Венгерской.
Первой обитательницей склепа в 1618 году стала императрица Анна, которая и заложила строительство Капуцинеркирхе, а также её супруг император Матвей, который присоединился к ней через год. Когда в 1633 году строительство церкви было завершено, и она была освящена, то саркофаги с телами монархов перенесли в «Склеп основателей». По традиции, принятой у Габсбургов, их сердца извлекались из тел, переносились в серебряные урны, которые хранились в находящемся при Августинской церкви склепе сердец. Внутренности монархов складывали в медные урны, которые покоились под собором Святого Стефана в Герцогском склепе.
В склепе при Капуцинеркирхе оказалось 12 императоров (среди них также брат Франца Иосифа I Максимилиан – император Мексики), 19 императриц (среди которых вторая жена Наполеона Бонапарта Мария Луиза), и многочисленные члены семьи Габсбургов. Всего в склепе находится 146 тел. Есть здесь и единственное тело, не имевшее родственных связей с Габсбургами – графини Каролины Фукс-Моллард, так звали любимую воспитательницу Марии Терезии, которая не хотела расставаться со своей воспитанницей и после смерти. Императрица распорядилась прикрепить к надгробию воспитательницы табличку с трогательными словами благодарности. В склепе также хранятся 4 урны с сердцами, которые не были присоединены к сердцам других Габсбургов в Августинской церкви. Самое последнее захоронение в этом склепе состоялось в 2011 году, когда к своим предкам присоединился Отто фон Габсбург – последний кронпринц из венценосного рода.
Внутри императорского склепа есть 9 меньших по размеру склепов и капелла с останками императрицы Циты Бурбон-Пармской, жены Карла I, пережившей супруга на 67 лет, а также умершего в 2007 году их сына. Особенно выразительны с художественной точки зрения склепы Карла VI (1720 год) и оформленный в стиле рококо склеп Марии Терезии (1758 год).
Перед внесением гроба в храм во время похоронной процессии герольд стучал в ворота, а настоятель (из монахов-капуцинов) на латыни спрашивал: «Кто просит о входе в сию усыпальницу?». На это следовал ответ: «О входе сюда просит раб божий Леопольд, бывший императором Австрии в земной жизни». На это монах произносил «Мы такого не знаем». После чего диалог вновь в точности повторялся. И лишь, когда в третий раз герольд изменял трактовку на: «Раб божий Леопольд, бедный грешник», то тогда двери склепа открывались.