Апартаменты Борджиа - апартаменты папы Александра VI (Родриго де Борджиа). Эти комнаты расположены этажом ниже станц Рафаэля. Интерьер украшен росписями Бернардино Пинтуриккьо и художников его мастерской.
После смерти Александра VI другие папы не захотели больше жить в этих апартаментах, и они были надолго покинуты. В 1816 году по указу папы Пия VII в комнатах разместили картины, возвращенные из Парижа после падения Наполеона, а при Льве XIII апартаменты были отреставрированы и открыты для публики.
Всего в апартаментах Борджиа шесть залов: зал сивилл, зал таинств веры, зал святых, зал понтификов, зал наук и свободных искусств и зал чудес веры. Свои названия они получили по сюжетам росписей. К апартаментам Борджиа также относятся спальня папы и сокровищница. Сейчас в апартаментах находится часть коллекции современного религиозного искусства.